Эудженио Аньени родился 26 января 1816 года в местечке Сутри близ столицы Италии городка Рима.
Э. Аньени усердно улучшал своё проф искусство под управлением признанного итальянского мастера Франческо Когетти (итал. Francesco Coghetti).
Ещё с молодых лет Эудженио Аньени увлёкся церковною живописью, которая направила на себя внимание Папы римского Пия IX, который стал делать юному художнику огромные заказы. А именно, по заданию Папы, им было написано ряд фресок в Тронном зале Квиринальского дворца (в текущее время там размещена официальная резиденция Президента Италии).
Будучи патриотом собственной страны, Эудженио Аньени воспринимал конкретное роль в Революции 1848—1849 годов в Италии. В 1848 году он вступил в римскую штатскую гвардию, а потом римский легионн. В будущем году Аньени присоединился к армии Римской республики, на стороне которой сражался во время восстания в Папской области. После поражения республиканцев, Эудженио Аньени был обязан покинуть отечество. Он был другом и соратником итальянского политика, патриота и бойца за освобождение страны Джузеппе Мадзини с которым вёл постоянную переписку.
В 1852 году Эудженио Аньени приехал в столицу Франции город Париж, чтоб писать декорации для новых зданий 1-го из больших и наикрасивейших художественных музеев мира Лувра.
Из Франции Эудженио Аньени отправился в столицу Английской империи город Лондон, где изобразил на большенном полотне английское королевское семейство. По окончании этой работы, Аньени принялся за работу в Царском театре Ковент-Гарден, где украсил одну из зал мифологическими аллегоричными фигурами. Но, 5 марта 1856 года, театр Ковент-Гарден сгорел во 2-ой раз (1-ое здание театра было уничтожено пожаром в 1808 году). Также фрески художника стали украшением спальни Её Величества царицы Англии в Букингемском дворце.
Кроме этого Эудженио Аньени написал много портретов и жанровых картин. В конце XIX — начале XX века на страничках «Энциклопедического словаря Брокгауза и Ефрона» была дана последующая оценка произведениям этого итальянского художника: «Картины Аньени, написанные с огромным навыком, много теряют исходя из убеждений незапятнанного искусства, греша преобладающею в их тенденциозностью».
Эудженио Аньени скоропостижно скончался 25 мая 1879 года.